Installation

Voici les instructions pour installer le logiciel MyCGR.

MyCGR fonctionne sous UNIX/Linux (peut-être sous Microsoft Windows par l'intermédiaire de MinGW, mais cela n'a jamais été testé).

Pré-requis

Objective-Caml version 3.09.2 ou supérieure est requis pour la compilation (notamment le compilateur vers du code natif), ainsi que les outils et bibliothèques OCaml suivantes:

  • LablGtk2 >= 2.6.0: interface avec la bibliothèque Gtk2. libglade doit être supporté.
  • XML-Light >= 2: bibliothèque de lecture/écriture de fichiers XML.
  • Cameleon2 >= 1.9.13: des outils et bibliothèques pour le développement d'applications en OCaml.
  • MLGraph 2.1: bibliothèque permettant la création d'images au format [Embedded-]PostScript.
  • OCaml-Gnuplot : interface avec l'outil de dessin Gnuplot.
  • OCamlgsl 0.4.0: interface avec la bibliothèque GNU Scientific Library.
  • Findlib >= 1.0.4: outil de gestion de bibliothèques OCaml.
  • OCaml-MySQL >= 1.0.3: interface avec la bibliothèque MySQL.
  • Cryptokit >= 1.3: bibliothèque implémentant divers algorithmes de cryptage et encodage.

LablGL(>= 1.01), interface avec les bibliothèques ToGL et Glut, est nécessaire pour compiler le programme mycgr_tetra_draw.x qui permet d'afficher la CGR dans le tétraèdre. Si elle n'est pas disponible, ce programme ne sera pas compilé.

Divers calculs sur les quantiles, utilisés dans les tests de structure, nécessitent l'installation de Scilab ou Octave. La variable d'environnement MYCGR_EXTERNAL_MATH_TOOL permet de spécifier lequel de ces outils utilisés, en indiquant "scilab" ou "octave". C'est Scilab qui est utilisé par défaut.

Téléchargement

Les sources sont disponibles sur cette page.

Décompresser l'archive récupérée, par exemple avec la commande suivante:

tar xvfj mycgr-[...].tar.bz2

Le répertoire mycgr-[...]est alors créé. Se placer dedans et passer à la section Compilation.

Compilation

Le script de configuration configure permet de vérifier la disponibilité sur le système des bibliothèques nécessaires, ainsi que d'indiquer certaines valeurs. La première chose à faire est donc de lancer le script de configuration:

./configure [options]
  • l'option --with-meta-root=/un/nom/de/repertoire/ permet d'indiquer le répertoire par défaut où les fichiers suivant les conventions de nommage seront rangés.
  • l'option --prefix=/un/autre/nom/de/repertoire/ permet d'indiquer où installer le logiciel une fois compilé.

Vérifier que la configuration se termine sans erreur. Lancer ensuite la compilation:

make all gui ocamldoc

Les programmes sont les fichiers portant l'extension .x. La documentation de référence de la bibliothèque OCaml est construite dans le répertoire ocamldoc/. On lance ensuite l'installation par la commande suivante:

make install

Attention, selon le répertoire choisi pour l'installation, il est possible qu'il faille être super-utilisateur pour réaliser l'installation.

La liste des répertoires créés et des fichiers installés s'affiche au fur et à mesure.

Configuration éventuelle de la base de données

Il est possible d'utiliser une base de données MySQL pour stocker certains calculs intermédiaires et les statistiques sur les arbres-CGR.

Par défaut, le nom de la base utilisée est mycgr. Si cette base doit être utilisée, il faut la créer et en donner les droits d'accès aux utilisateurs concernés. Pour cela, il faut se connecter à MySQL en tant qu'administrateur et lancer les commandes suivantes, qui créent la base et donnent les droits d'utilisation à username depuis la machine localhost:

create database mycgr;
grant all privileges on mycgr.* to username@localhost;

Consulter la documentation de MySQL pour plus de détails.

Et ensuite
Pour bien commencer dans l'utilisation de MyCGR, on peut lire un aperçu des outils disponibles puis consulter la page Premiers pas.