MyCGR
Qu'est-ce que MyCGR ?
MyCGR est une bibliothèque en Objective-Caml et un ensemble d'outils pour utiliser la Chaos Game Representation sur des séquences d'ADN.

Ce logiciel est expérimental. Il permet de réaliser les simulations et expérimentations décrites dans la thèse de Peggy Cénac, pendant laquelle il a été développé. La mise à disposition de ce logiciel (y compris le code source) a pour but de permettre son utilisation et l'ajout de fonctionnalités dans le cadre d'autres recherches.

Actualités

Les sources sont disponibles (22 Jun 2006 15:10:00 +0000)
La version 0.98 est téléchargeable et le site de développement est maintenant public.

Mise en ligne (18 Apr 2006 15:30:00 +0000)
Le site MyCGR est en ligne. Le logiciel sera disponible prochainement.

Installation
Les instructions pour télécharger et installer le logiciel MyCGR se trouvent sur cette page.
Documentation

Référence de la bibliothèque: documentation de référence sur la bibliothèque Cgr, la bibliothèque en Objective-Caml incluse dans MyCGR. Cette bibliothèque offre des modules pour manipuler les séquences d'ADN, calculer la CGR, faire des tests sur les structures de séquences, calculer des distances entre espèces, ...

Aperçu des outils: une liste non exhaustive des programmes inclus dans MyCGR, avec leurs principales fonctionnalités.

Premiers pas: des indications pour commencer à utiliser MyCGR.

Résultats

Quelques résultats de simulations effectuées avec MyCGR sont disponibles sur ce site:

Références
Peggy Cénac: Étude statistique de séquences biologiques et convergence presque sûre de martingales
Il s'agit de la thèse pour laquelle ces outils ont été développés. On y trouve les définitions, constructions et méthodes implémentées dans MyCGR.
Peggy Cénac: Test on the structure of biological sequences via Chaos Game Representation
Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, Volume 5, 2005, article 27.
Peggy Cénac, Guy Fayolle et Jean-Marc Lasgouttes: Dynamical systems in the analysis of biological sequences.
Technical report 5351, INRIA, Octobre 2004.
Licence

Ce logiciel est distribué sous licence Cecill.
La version 0.98 a été déposée à l'Agence de Protection des Programmes (APP) avec le numéro IDDN.FR.001.230010.000.S.P.2006.000.10000.

Auteurs
Peggy Cénac
Maxence Guesdon
[peggy DOT cenac AT inria DOT fr]
[maxence DOT guesdon AT inria DOT fr]